Arboretum je sbírka rostoucích dřevin domácího i cizího původu, sloužící vědeckým, pedagogickým a osvětovým účelům. Arboretum botanické zahrady, jehož součástí je skalka a jezírko, bylo vytvářeno od roku 1903, kdy bylo započato s přebudováváním původní zahrady.
Rozkládá se na ploše 1,5 ha (z celkové rozlohy botanické zahrady) a je rozděleno na dvě části. První část tvoří tzv. přirozené porosty, které se svou skladbou rostlin a dřevin přibližují přírodním porostům. Druhou část arboreta tvoří dřeviny introdukované neboli dovezené z jiných částí světa a různé kultivary nebo kříženci dřevin. Především se jedná o listnaté dřeviny, pouze v západní části arboreta se nachází skupina jehličnanů.
Mnoho dřevin, které v současnosti v arboretu rostou, pochází z výsadeb provedených v letech 1904 - 1910. V roce 1929 některé choulostivější dřeviny vymrzly a jiné druhy byly poškozeny letní vichřicí. Nepříznivé byly i zimy 1939 - 1940 a 1942 - 1943. Škody byly nahrazeny novými výsadbami.
Kromě běžných druhů rostoucích v naší republice jsou zde zastoupeny dřeviny ze Severní Ameriky, severní Afriky, Sibiře, Číny, Japonska a samozřejmě též dřeviny z celé Evropy. Některé dřeviny v arboretu patří mezi velmi významné (kalopanax pestrý, javor černý, hruškojeřáb ouškatý, korkovník japonský, korkovník amurský, celoterčník různobarvý, zmarličník japonský, kladrastis žlutý, aj.).
Do arboreta se dosazují nové zajímavé a významné keře a stromy. Za poslední 4 roky zde bylo dosazeno přibližně 400 nových dřevin.
